Analiza EST klonov križancev Coffea arabica X Coffea canephora in Coffea canephora X Coffea congensis
EST ali oznake izraženih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo določanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5’ ali 3’ smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov ter pogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo p...
Saved in:
| Main Authors: | , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | English |
| Published: |
University of Ljubljana Press (Založba Univerze v Ljubljani)
2012-05-01
|
| Series: | Acta Agriculturae Slovenica |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://journals.uni-lj.si/aas/article/view/14533 |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| Summary: | EST ali oznake izraženih zaporedij so DNA zaporedja, dolga od 100 do 800 baznih parov, pridobljena z eno reakcijo določanja nukleotidnega zaporedja cDNA molekulam iz 5’ ali 3’ smeri. Vsebujejo prepisana, ne nujno pa tudi prevedena, zaporedja genov ter pogosto tudi elemente vektorjev. Predstavljajo presežen nabor izraženih genov v nekem vzorcu in se uporabljajo za študije izražanja genov, iskanje novih genov, raziskave alternativnega izrezovanja intronov idr. Mnogokrat predstavljajo prvo orodje funkcionalne genomike manj raziskanih organizmov. Zaradi presežnosti se jih mnogokrat združuje v gruče. Največjo zbirko EST zaporedij vzdržuje NCBI, imenuje se dbEST in ima več kot 70 milijonov zaporedij. V omenjeni bazi smo poiskali klone EST dveh križancev kave, Coffea arabica X Coffea canephora ter Coffea canephora X Coffea congensis, ter s pomočjo BLAST algoritma poiskali katere proteine kodirajo. Najdenim proteinom smo nato določili ontologijo. |
|---|---|
| ISSN: | 1854-1941 |