基于Illumina MiSeq的麋鹿粪样菌群多样性分析

为探究麋鹿(<italic>Elaphurus davidianus</italic>)肠道菌群的结构和组成,为麋鹿消化道疾病防治提供有价值的基础数据,应用Illumina MiSeq对4个麋鹿栖息地32只麋鹿粪便样本的16S rRNA的V3—V4可变区进行扩增,结合样本的OTU种类及丰度,用R软件进行聚类和主成分分析(PCA),并计算多样性指数。结果表明:共获得1 438 677条有效序列,平均每个样品有(44 959±12 153)条有效序列;将序列拼接优化,在97%相似度条件下获得31 459个物种分类的OTUs,平均每个样品为(983±240)个OTUs;平均读...

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Main Authors: 李俊芳, 白冰, 孟庆辉, 程志斌, 单云芳, 刘田, 钟震宇
Format: Article
Language:zho
Published: Editorial Department of Chinese Journal of Wildlife 2023-02-01
Series:野生动物学报
Subjects:
Online Access:http://ysdw.nefu.edu.cn/thesisDetails#10.12375/ysdwxb.20230111
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