توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae
سابقه و هدف:گیاهان دارویی، امروزه یکی از حائز اهمیتترین محصولات بخش کشاورزی محسوب میشوند. پیشرفت در زمینه گیاهان دارویی یکی از اهداف مهم فعالان بخش کشاورزی در حال حاضر میباشد. اگرچه گیاهان دارویی تاکنون در کشور ما بسیار کمتر مورد توجه بودهاند ولی اهمیت روز افزون این گیاهان در سراسر دنیا، امروزه...
Saved in:
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources
2015-06-01
|
| Series: | Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://jopp.gau.ac.ir/article_2539_294c73366589f6b1b60c1400426e82af.pdf |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1832586633194504192 |
|---|---|
| author | احد یامچی |
| author_facet | احد یامچی |
| author_sort | احد یامچی |
| collection | DOAJ |
| description | سابقه و هدف:گیاهان دارویی، امروزه یکی از حائز اهمیتترین محصولات بخش کشاورزی محسوب میشوند. پیشرفت در زمینه گیاهان دارویی یکی از اهداف مهم فعالان بخش کشاورزی در حال حاضر میباشد. اگرچه گیاهان دارویی تاکنون در کشور ما بسیار کمتر مورد توجه بودهاند ولی اهمیت روز افزون این گیاهان در سراسر دنیا، امروزه توجه بسیاری از بخشهای کشاورزی را به خود معطوف نموده است. Anthemideae یکی از زیرخانواده‌های مهم در خانواده Asteraceae میباشد و دارای 5 جنس با اهمیت شامل: بومادران (.Achillea sp)، بابونه (Matricaria sp..)، مخلصه (Tanacetum sp..)، درمنه (Artemisia sp.) و Santolina sp. میباشد که اغلب به عنوان گیاهان دارویی مهم در پزشکی مطرح میباشند. از آن جائیکه گیاهان این زیرخانواده، منبع غنی از آنتی‌اکسیدان‌های گیاهی میباشند که آنان را از اثرات مضر گونه‌های واکنشگر اکسیژنی حفظ می‌نمایند. آنتی اکسیدانها به دو گروه کلی آنزیمی و غیر آنزیمی تقسیم میشوند. به طور کلی آنتی اکسیدانهای گیاهی نسبت به آنتی اکسیدانهای سنتز شده به صورت شیمیایی عوارض کمتری دارند. آلترناتیواکسیداز یکی از آنزیم‌های مهم در زنجیره انتقال الکترون میباشد که مسئول مسیر تنفس آلترناتیو است و ژن aox2 کدکننده یکی از زیرواحدهای این آنزیم میباشد. لذا شناسایی، ردیابی و توالی‌یابی ژن‌های کد کننده این ترکیبات در گیاهان زیرخانواده Anthemideae ضروری به نظر می‌رسد.
مواد و روش ها: ابتدا براساس همردیف سازی چندتایی توالیهای جستجو شده برای گیاه مدل آرابیدوپسیس و سایر گیاهان در پایگاه دادههای بانک ژن (NCBI)، انجام شد. آغازگرهای اختصاصی به صورت هرز برای نواحی حفاظت شده آمینواسیدی (Active site) پروتئین AOX2 طراحی شدند. آغازگرها در جنسهای زیرخانواده Anthemideae ناحیه‌ای به طول تقریبی300 جفت نوکلئوتید را تکثیر نمودند و در ادامه تعین توالی شدند.
یافته ها:نتایج حاصل از جستجو با ابزار BLAST در پایگاه دادههای NCBI برای توالیهای بدست آمده، صحت توالیهای مذکور را تأیید نمود. همچنین حضور ناحیه فعال پروتئینی در این توالیها، تأیید دیگری بر صحت توالیهای بدست آمده بود. به منظور بررسی تنوع ژن aox2 بین جنسهای مهم زیرخانواده Anthemideae میانگین کل Pairwise distance بر اساس دو مدل K2P و P-diatance و بر اساس توالی نوکلئوتید ها (جایگزینی‌های همجنس Transition و ناهمجنس Transversion نوکلئوتید ها) از نرم افزار Mega ver 5.0 استفاده و درصد تنوع محاسبه گردید. دادههای حاصل از آن‌ها نشان دادند جنسهای مذکور از نظر ژن aox2 حفاظت شده میباشند و Matricaria sp. و Achillea sp. نزدیکترین جنس‌ها به یکدیگر و جنسهای Artemisia sp. و Chrysanthemum sp. دورترین جنس‌ها از یکدیگر محسوب میشوند.
نتیجه گیری:نتایج حاصل از ترسیم نمودار خوشه‌ای برای ژن aox2 ، حفاظت شدگی بالای aox2 را در جنسهای مذکور تأیید نمود. |
| format | Article |
| id | doaj-art-32fcae6c0ca741b09bc247e13739f941 |
| institution | Kabale University |
| issn | 2322-2050 2322-2778 |
| language | fas |
| publishDate | 2015-06-01 |
| publisher | Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources |
| record_format | Article |
| series | Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī |
| spelling | doaj-art-32fcae6c0ca741b09bc247e13739f9412025-01-25T06:49:04ZfasGorgan University of Agricultural Sciences and Natural ResourcesPizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī2322-20502322-27782015-06-012222172292539توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideaeاحد یامچی0عضو هیات علمی دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی گرگانسابقه و هدف:گیاهان دارویی، امروزه یکی از حائز اهمیتترین محصولات بخش کشاورزی محسوب میشوند. پیشرفت در زمینه گیاهان دارویی یکی از اهداف مهم فعالان بخش کشاورزی در حال حاضر میباشد. اگرچه گیاهان دارویی تاکنون در کشور ما بسیار کمتر مورد توجه بودهاند ولی اهمیت روز افزون این گیاهان در سراسر دنیا، امروزه توجه بسیاری از بخشهای کشاورزی را به خود معطوف نموده است. Anthemideae یکی از زیرخانواده‌های مهم در خانواده Asteraceae میباشد و دارای 5 جنس با اهمیت شامل: بومادران (.Achillea sp)، بابونه (Matricaria sp..)، مخلصه (Tanacetum sp..)، درمنه (Artemisia sp.) و Santolina sp. میباشد که اغلب به عنوان گیاهان دارویی مهم در پزشکی مطرح میباشند. از آن جائیکه گیاهان این زیرخانواده، منبع غنی از آنتی‌اکسیدان‌های گیاهی میباشند که آنان را از اثرات مضر گونه‌های واکنشگر اکسیژنی حفظ می‌نمایند. آنتی اکسیدانها به دو گروه کلی آنزیمی و غیر آنزیمی تقسیم میشوند. به طور کلی آنتی اکسیدانهای گیاهی نسبت به آنتی اکسیدانهای سنتز شده به صورت شیمیایی عوارض کمتری دارند. آلترناتیواکسیداز یکی از آنزیم‌های مهم در زنجیره انتقال الکترون میباشد که مسئول مسیر تنفس آلترناتیو است و ژن aox2 کدکننده یکی از زیرواحدهای این آنزیم میباشد. لذا شناسایی، ردیابی و توالی‌یابی ژن‌های کد کننده این ترکیبات در گیاهان زیرخانواده Anthemideae ضروری به نظر می‌رسد. مواد و روش ها: ابتدا براساس همردیف سازی چندتایی توالیهای جستجو شده برای گیاه مدل آرابیدوپسیس و سایر گیاهان در پایگاه دادههای بانک ژن (NCBI)، انجام شد. آغازگرهای اختصاصی به صورت هرز برای نواحی حفاظت شده آمینواسیدی (Active site) پروتئین AOX2 طراحی شدند. آغازگرها در جنسهای زیرخانواده Anthemideae ناحیه‌ای به طول تقریبی300 جفت نوکلئوتید را تکثیر نمودند و در ادامه تعین توالی شدند. یافته ها:نتایج حاصل از جستجو با ابزار BLAST در پایگاه دادههای NCBI برای توالیهای بدست آمده، صحت توالیهای مذکور را تأیید نمود. همچنین حضور ناحیه فعال پروتئینی در این توالیها، تأیید دیگری بر صحت توالیهای بدست آمده بود. به منظور بررسی تنوع ژن aox2 بین جنسهای مهم زیرخانواده Anthemideae میانگین کل Pairwise distance بر اساس دو مدل K2P و P-diatance و بر اساس توالی نوکلئوتید ها (جایگزینی‌های همجنس Transition و ناهمجنس Transversion نوکلئوتید ها) از نرم افزار Mega ver 5.0 استفاده و درصد تنوع محاسبه گردید. دادههای حاصل از آن‌ها نشان دادند جنسهای مذکور از نظر ژن aox2 حفاظت شده میباشند و Matricaria sp. و Achillea sp. نزدیکترین جنس‌ها به یکدیگر و جنسهای Artemisia sp. و Chrysanthemum sp. دورترین جنس‌ها از یکدیگر محسوب میشوند. نتیجه گیری:نتایج حاصل از ترسیم نمودار خوشه‌ای برای ژن aox2 ، حفاظت شدگی بالای aox2 را در جنسهای مذکور تأیید نمود.https://jopp.gau.ac.ir/article_2539_294c73366589f6b1b60c1400426e82af.pdfanthemideaeآنتی اکسیدانژن aox2 |
| spellingShingle | احد یامچی توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī anthemideae آنتی اکسیدان ژن aox2 |
| title | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae |
| title_full | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae |
| title_fullStr | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae |
| title_full_unstemmed | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae |
| title_short | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز (aox2) در زیرخانواده Anthemideae |
| title_sort | توالی‌یابی و مطالعه فیلوژنتیکی ژن آلترناتیو اکسیداز aox2 در زیرخانواده anthemideae |
| topic | anthemideae آنتی اکسیدان ژن aox2 |
| url | https://jopp.gau.ac.ir/article_2539_294c73366589f6b1b60c1400426e82af.pdf |
| work_keys_str_mv | AT ạḥdyạmcẖy twạlyyạbywmṭạlʿhfylwzẖntyḵyzẖnậltrnạtywạḵsydạzaox2drzyrkẖạnwạdhanthemideae |