بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP
سابقه و هدف: مرکبات یکی از مهمترین محصولات مناطق نیمه گرمسیری دنیا هستند که لایم‌های اسیدی (Citrus aurantifolia) در آن گروه بزرگی را تشکیل می‌دهند. کشت و کار این گروه از لایم‌ها از دیر باز در مناطق جنوبی ایران متداول بوده و نقش مهمی در اقتصاد منطقه دارد. از آنجا که امروزه بسیاری از درختان لایم منطقه...
Saved in:
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | Article |
| Language: | fas |
| Published: |
Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources
2016-10-01
|
| Series: | Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī |
| Subjects: | |
| Online Access: | https://jopp.gau.ac.ir/article_3322_a0fe7869916acf687daed9dc038bd861.pdf |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
| _version_ | 1832586629165875200 |
|---|---|
| author | شاهین جهانگیرزاده خیاوی یوسف حمیداوغلی بهروز گلعین عاطفه صبوری |
| author_facet | شاهین جهانگیرزاده خیاوی یوسف حمیداوغلی بهروز گلعین عاطفه صبوری |
| author_sort | شاهین جهانگیرزاده خیاوی |
| collection | DOAJ |
| description | سابقه و هدف: مرکبات یکی از مهمترین محصولات مناطق نیمه گرمسیری دنیا هستند که لایم‌های اسیدی (Citrus aurantifolia) در آن گروه بزرگی را تشکیل می‌دهند. کشت و کار این گروه از لایم‌ها از دیر باز در مناطق جنوبی ایران متداول بوده و نقش مهمی در اقتصاد منطقه دارد. از آنجا که امروزه بسیاری از درختان لایم منطقه به دلایل مختلف در معرض از بین رفتن قرار دارند، بنابراین داشتن اطلاعات درباره ژنتیک آن درختان برای طراحی برنامه‌های اصلاحی جهت دست‌یابی به گیاهان مناسب و با اهداف خاص کمک شایانی است. در این تحقیق سعی شده است نسبت به بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای بومی لیموهای اسیدی مربوط به مناطق کاشت عمده این محصول در جنوب ایران و مقایسه آنها با شش رقم تجاری، اقدام گردد. مواد و روش‌ها: پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان و کاملا توسعه یافته، DNA ژنومی آنها استخراج شد. از نشانگر AFLP با کاربرد چهار ترکیب پرایمری حاصل از آغازگرهای EcoRI و MseI، شامل ECGC/MAGA، ECCA/MAGA، ECCA/MAGT و ECGC/MAAG برای بررسی روابط ژنتیکی 30 ژنوتیپ بومی از سه منطقه داراب (فارس)، منوجان (کرمان) و میناب (هرمزگان) و شش رقم وارداتی استفاده شد. داده‌های حاصل توسط ضریب شباهت جاکارد و الگوریتم UPGMA مورد تجزیه قرار گرفتند. یافته‌ها: در مجموع این چهار ترکیب، تولید 126 باند قابل نمره‌دهی کردند که 63/70% حالت چندشکلی داشتند. دامنه تعداد نوارهای تکثیر شده برای هر ترکیب پرایمری در محدوده 26 الی 37 بود (متوسط 22 نواربه ازای هر ترکیب). حداکثر تعداد نوارمشاهده شده‌ی چند شکل در ترکیب ECCA/MAGT به تعداد 27 نواربود. میزان محتوای اطلاعات چند شکلی محاسبه شده برای تمام ترکیب‌ها از 4/0 تا 5/0 با متوسط 48/0 بود. دامنه تشابه بدست آمده توسط ضریب تشابه جاکارد بین 24/0 تا 96/0 بود که کمترین میزان بین لیمو شیرین (C. limetta) و ژنوتیپ D8 از داراب و حداکثر بین دو ژنوتیپ منطقه میناب (M4-2 و M4-2) مشاهده شد. تجزیه خوشه‌ای، نمونه‌ها را در چهار گروه قرار داد که این گروه‌‌بندی با موقعیت جغرافیایی تهیه نمونه‌ها مطابقت قابل توجهی نداشت. به‌عبارت دیگر نمونه‌های جمع‌آوری شده از مناطق مختلف از یکدیگر تفکیک نشدند اما نمونه‌های منطقه میناب شباهت ژنتیکی بیشتری با یکدیگر در مقایسه با نمونه‌های دو منطقه منوجان و داراب نشان دادند که دلیل آن می‌تواند محدود بودن تنوع کاشت مرکبات در منطقه باشد. نتیجه‌گیری: درصد چندشکلی و محتوای اطلاعات چندشکلی قابل توجه حاصل از ترکیبات آغازگری بکاررفته در این پژوهش بیانگر توانمندی این نشانگرها در تفکیک ژنوتیپهای مختلف لیمو اسیدی است. با استفاده از این نشانگرها تنوع ژنتیکی چشم‌گیری بین ژنوتیپهای لیمو اسیدی مشاهده شد اما این تنوع به گونه‌ای نبود که قادر باشد ژنوتیپهای مناطق مختلف را از هم منفک نماید. به نظر می‌رسد شاید با افزایش تعداد ترکیبات آغازگری و استفاده از سایر نشانگرها همانند SSR، SNP و غیره بتوان به این تفکیک دست یافت. همچنین نتایج این بررسی نشان داد که ژنوتیپهای لیمو اسیدی ایران به دلیل آنکه اکثرا به صورت جنسی تکثیر شده‌اند دارای تنوع ژنتیکی بالایی می‌باشند. |
| format | Article |
| id | doaj-art-26554b63b6b147cda29b028dc7c585a5 |
| institution | Kabale University |
| issn | 2322-2050 2322-2778 |
| language | fas |
| publishDate | 2016-10-01 |
| publisher | Gorgan University of Agricultural Sciences and Natural Resources |
| record_format | Article |
| series | Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī |
| spelling | doaj-art-26554b63b6b147cda29b028dc7c585a52025-01-25T06:50:29ZfasGorgan University of Agricultural Sciences and Natural ResourcesPizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī2322-20502322-27782016-10-01233819610.22069/jopp.2017.9336.18923322بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLPشاهین جهانگیرزاده خیاوی0یوسف حمیداوغلی1بهروز گلعین2عاطفه صبوری3دانشجوی دکتری گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلان.دانشیاری گروه علوم باغبانی، دانشکده کشاورزی، دانشگاه گیلاندانشیار موسسه تحقیقات مرکبات کشور (رامسر).استادیار گروه زراعت و اصلاح نباتات دانشگاه گیلان.سابقه و هدف: مرکبات یکی از مهمترین محصولات مناطق نیمه گرمسیری دنیا هستند که لایم‌های اسیدی (Citrus aurantifolia) در آن گروه بزرگی را تشکیل می‌دهند. کشت و کار این گروه از لایم‌ها از دیر باز در مناطق جنوبی ایران متداول بوده و نقش مهمی در اقتصاد منطقه دارد. از آنجا که امروزه بسیاری از درختان لایم منطقه به دلایل مختلف در معرض از بین رفتن قرار دارند، بنابراین داشتن اطلاعات درباره ژنتیک آن درختان برای طراحی برنامه‌های اصلاحی جهت دست‌یابی به گیاهان مناسب و با اهداف خاص کمک شایانی است. در این تحقیق سعی شده است نسبت به بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای بومی لیموهای اسیدی مربوط به مناطق کاشت عمده این محصول در جنوب ایران و مقایسه آنها با شش رقم تجاری، اقدام گردد. مواد و روش‌ها: پس از نمونه‌برداری از برگ‌های جوان و کاملا توسعه یافته، DNA ژنومی آنها استخراج شد. از نشانگر AFLP با کاربرد چهار ترکیب پرایمری حاصل از آغازگرهای EcoRI و MseI، شامل ECGC/MAGA، ECCA/MAGA، ECCA/MAGT و ECGC/MAAG برای بررسی روابط ژنتیکی 30 ژنوتیپ بومی از سه منطقه داراب (فارس)، منوجان (کرمان) و میناب (هرمزگان) و شش رقم وارداتی استفاده شد. داده‌های حاصل توسط ضریب شباهت جاکارد و الگوریتم UPGMA مورد تجزیه قرار گرفتند. یافته‌ها: در مجموع این چهار ترکیب، تولید 126 باند قابل نمره‌دهی کردند که 63/70% حالت چندشکلی داشتند. دامنه تعداد نوارهای تکثیر شده برای هر ترکیب پرایمری در محدوده 26 الی 37 بود (متوسط 22 نواربه ازای هر ترکیب). حداکثر تعداد نوارمشاهده شده‌ی چند شکل در ترکیب ECCA/MAGT به تعداد 27 نواربود. میزان محتوای اطلاعات چند شکلی محاسبه شده برای تمام ترکیب‌ها از 4/0 تا 5/0 با متوسط 48/0 بود. دامنه تشابه بدست آمده توسط ضریب تشابه جاکارد بین 24/0 تا 96/0 بود که کمترین میزان بین لیمو شیرین (C. limetta) و ژنوتیپ D8 از داراب و حداکثر بین دو ژنوتیپ منطقه میناب (M4-2 و M4-2) مشاهده شد. تجزیه خوشه‌ای، نمونه‌ها را در چهار گروه قرار داد که این گروه‌‌بندی با موقعیت جغرافیایی تهیه نمونه‌ها مطابقت قابل توجهی نداشت. به‌عبارت دیگر نمونه‌های جمع‌آوری شده از مناطق مختلف از یکدیگر تفکیک نشدند اما نمونه‌های منطقه میناب شباهت ژنتیکی بیشتری با یکدیگر در مقایسه با نمونه‌های دو منطقه منوجان و داراب نشان دادند که دلیل آن می‌تواند محدود بودن تنوع کاشت مرکبات در منطقه باشد. نتیجه‌گیری: درصد چندشکلی و محتوای اطلاعات چندشکلی قابل توجه حاصل از ترکیبات آغازگری بکاررفته در این پژوهش بیانگر توانمندی این نشانگرها در تفکیک ژنوتیپهای مختلف لیمو اسیدی است. با استفاده از این نشانگرها تنوع ژنتیکی چشم‌گیری بین ژنوتیپهای لیمو اسیدی مشاهده شد اما این تنوع به گونه‌ای نبود که قادر باشد ژنوتیپهای مناطق مختلف را از هم منفک نماید. به نظر می‌رسد شاید با افزایش تعداد ترکیبات آغازگری و استفاده از سایر نشانگرها همانند SSR، SNP و غیره بتوان به این تفکیک دست یافت. همچنین نتایج این بررسی نشان داد که ژنوتیپهای لیمو اسیدی ایران به دلیل آنکه اکثرا به صورت جنسی تکثیر شده‌اند دارای تنوع ژنتیکی بالایی می‌باشند.https://jopp.gau.ac.ir/article_3322_a0fe7869916acf687daed9dc038bd861.pdfمرکباتترکیب پرایمریمحتوای اطلاعات چند شکلیتجزیه خوشه‌ایتنوع ژنتیکی |
| spellingShingle | شاهین جهانگیرزاده خیاوی یوسف حمیداوغلی بهروز گلعین عاطفه صبوری بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP Pizhūhish/hā-yi tulīd-i giyāhī مرکبات ترکیب پرایمری محتوای اطلاعات چند شکلی تجزیه خوشه‌ای تنوع ژنتیکی |
| title | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP |
| title_full | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP |
| title_fullStr | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP |
| title_full_unstemmed | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP |
| title_short | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی (Citrus aurantifolia Swingle) ایران بر پایه نشانگر AFLP |
| title_sort | بررسی تنوع ژنتیکی برخی ژنوتیپهای لیمو اسیدی citrus aurantifolia swingle ایران بر پایه نشانگر aflp |
| topic | مرکبات ترکیب پرایمری محتوای اطلاعات چند شکلی تجزیه خوشه‌ای تنوع ژنتیکی |
| url | https://jopp.gau.ac.ir/article_3322_a0fe7869916acf687daed9dc038bd861.pdf |
| work_keys_str_mv | AT sẖạhynjhạngyrzạdhkẖyạwy brrsytnwʿzẖntyḵybrkẖyzẖnwtyphạylymwạsydycitrusaurantifoliaswingleạyrạnbrpạyhnsẖạngraflp AT ywsfḥmydạwgẖly brrsytnwʿzẖntyḵybrkẖyzẖnwtyphạylymwạsydycitrusaurantifoliaswingleạyrạnbrpạyhnsẖạngraflp AT bhrwzglʿyn brrsytnwʿzẖntyḵybrkẖyzẖnwtyphạylymwạsydycitrusaurantifoliaswingleạyrạnbrpạyhnsẖạngraflp AT ʿạṭfhṣbwry brrsytnwʿzẖntyḵybrkẖyzẖnwtyphạylymwạsydycitrusaurantifoliaswingleạyrạnbrpạyhnsẖạngraflp |